1856年9月初，正当清军与太平军的战争如火如荼时，天京城外秦淮河通往长江的出口处突然发生怪象，原本碧绿的江水先是被染成了血红色，紧接着便有很多被捆绑的黄衣黄褂者的尸体顺河漂流，数不胜数，令人震惊。江南大营中围攻天京的清军随后断定，太平天国一定发生了内讧。
清军还真猜对了，天京城内果然发生了大事件。
原来，太平天国定都南京后不久，清军就在南京城的东南郊建立了江南大营，一来用来困住天京，二来可以庇护苏州、常州地区的产粮区;而在扬州城的北郊，清军又建立了江北大营，以从上游威胁天京，并庇护淮北一带的产盐区。此后，这两个大营就像定时炸弹一样，时刻威胁着天京的安全。
1855年初，太平天国的北伐军虽然已经全军覆没，但西征军的形势进展还算顺利，他们第三次攻克武昌，曾国藩也被围困在南昌孤城，而皖北等地区都落入了太平军之手。1856年初，在东王杨秀清的指挥调度下，太平军先击破镇江城外及扬州之敌，击溃江北大营;随后又调回围困南昌的石达开部队，最后在石达开外围作战并调走清军主力的掩护下，太平军猛扑江南大营，一举将它打破。此战后，长期与太平军顽强作战的清军主将向荣在战败后上吊自尽，天京围解，天王洪秀全总算出了口心头恶气。
但是，巨大胜利的后面却隐藏着重大的危机，其中最矛盾的是洪秀全与东王杨秀清的关系。按太平天国的宗教理论，天王洪秀全是上帝次子，是上帝派来解救人间的最高代表;而东王杨秀清在举义前会众思想动摇的危急时候，和西王萧朝贵联手搞了“天父天兄”下凡的把戏，并在事后得到了洪秀全的追认。当然，洪秀全当时也是不得不承认，因为要是揭穿杨秀清把戏的话，大家就都露馅了:如果杨秀清、萧朝贵不是什么“天父天兄”，那你洪秀全又算什么上帝的次子呢!?
但在太平天国后来的形势发展中，矛盾很快就暴露出来了。东王杨秀清本应该在天王之下，但他时不时的可以“天父”下凡的名义，直接越过洪秀全给太平军部众发号施令。客观的说，东王杨秀清主持了太平天国早期的全面工作，取得的功绩是有目共睹的，而洪天王则大都高高挂起，既有点宗教领袖的味道，也有点像个虚君。在建都天京后，太平天国也仍旧保留了这种二元体制，洪秀全通常都在天王府中深居不出，很少参与具体的军政事务，他一般是醉心于搞搞宗教活动、写写打油诗，享受天王的快活日子。由此，杨秀清也权威日盛，日益骄横，也起了篡位之心。
当时的东王府，穷极奢丽，内有妃妾数百，服务的都是些面容姣好、身材风流的江南美女，一点都不逊色于天王府。杨秀清经常昼夜淫佚，还造有龙车放在东王府里，让美女侍妾裸体拖曳，以此淫乐。也许是因为杨秀清小时候穷怕了，他发迹后，其排场也就像暴发户一样。譬如他出行坐的轿子就需要三十二个人抬，轿子里还有两个小童服侍，连轿夫都穿着华丽的衣服，派头大得很。每次出门，杨秀清的队伍前必打着绣有青白二巨龙的旗仗，鼓乐齐奏，扈从千人，一副煞有介事的样子。
杨秀清有自己的一套行政班子，太平天国的早期大政方针都出自东王府，弄到后来大家都惟东王命令是从，洪秀全反而被晾在一边。杨秀清既然大权在握，他不但视洪秀全如无物，对北王韦昌辉、翼王石达开、秦日纲(后来封的燕王)等老兄弟也是颐指气使，盛气凌人。
韦昌辉等人为求自保，只好对杨秀清曲意奉承。据说，杨秀清因纵欲过度，“久乃不能入”，韦昌辉听说后便十分卖力的为杨秀清四方发榜求医，以此来讨好杨秀清。更有甚者，韦昌辉的哥哥因得罪杨秀清而被五马分尸，连韦昌辉自己也被杨秀清打过数百大板，以至于站不起来，但当时也只能隐忍不发。
表面上的平静往往蕴含着更大的危险。自从西王萧朝贵去见上帝后，太平天国里只有杨秀清可以合法通神，所以每当杨秀清要表演他那“天父下凡”的保留节目时，大家都非常紧张，一个个跪伏屏息，汗不敢出，生怕东王借“天父”发怒为名，把自己的小命枉送。就连洪秀全的二哥洪仁达，也曾因小事被杨秀清借“天父”名义给捆了打杀。而实力派韦昌辉、石达开等人知道杨秀清忌讳他们，更是谨慎有加，心存畏惧。
不要说韦昌辉、石达开这些人，甚至连高贵庄严的天王洪秀全，也屡次被杨秀清责罚。据《贼情汇篡》上说，太平军中别男女，普通士兵见不到女人，但洪秀全却妻妾成群，军中有人憋不住，夜间偷窥了洪天王和妃子们行男女之事，不巧被更衣的妃子发觉，洪天王听后大怒，下令要将此人绑了杀头。杨秀清对此很不以为然，于是他“咣当”一声倒地，摇身一变，再次“天父”下凡训斥洪秀全:“尔与兄弟打江山，杀人大事，何不与四弟(即杨秀清)商议!此须重罚!”
所谓重罚，就是要打洪秀全屁股。此时洪天王有苦说不出，在这个“下凡的天父”面前，也只能跪下认罚。所幸这时有其他兄弟下跪求情，并说愿意替天王受罚，杨秀清这才见好就收，免此一打。
在打破清军的江南江北大营后，杨秀清更是野心膨胀，想趁势迫使洪秀全禅位。关于杨秀清想篡位的故事，版本很多但都是大同小异，一般说杨秀清假称“天父下凡”，说:“四弟杨秀清如此大的功劳，怎么才九千岁啊?”洪秀全惊恐之下，慌忙说:“应该是万岁”。“天父”又说:“那东王世子呢?”洪秀全赶忙说:“也是万岁，世代都是万岁!”杨秀清很满意，说:“我做万岁，你做万万岁!”
下面姑且录清人罗惇曧的《太平天国战记》里记载的另一个版本，供参考。
杨秀清在图谋篡位前，已经做了舆论准备，在科考中故意出了个题目叫“四海之内有东王”，意图非常明显。后来杨秀清假装生病，要洪天王前去探视。洪天王第一次走出自己的天王府，来到东王府后见到杨秀清仰卧在卧室内，旁边有四个妖艳的美女伺候，床边既没有椅子，也没有凳子，只设了一个小榻给洪天王坐。
洪天王强压心头之火，假心假意的宽慰东王好生养病。杨秀清也不理会，故作呓语说:“人家都说天无二日，人无二主，秦时二日相斗，这是为什么啊?”洪秀全大惊，赶紧下令让手下随员对杨秀清九叩首，三呼东王万岁。
洪秀全突然的举动，反倒让杨秀清一时没反应过来。本来杨秀清想引诱洪秀全逊位，如果不答应的话就动手杀了他。但是洪秀全猝令手下对杨秀清高呼万岁，反倒让他无话可说，只好打起呼噜装睡了。
洪秀全见杨秀清半天没有反应，便假称上厕所，乘着机会跑回了天王府。洪秀全走了后，杨秀清突然睁开眼睛，问左右:“天王去哪了?”左右说上厕所了，杨秀清才没有继续装下去。这幕戏，说起来简直就是当年鸿门宴的翻版，若按李宗吾老先生的《厚黑学》理论，这杨秀清还是心不够黑，反应也不够快，所以做不成大事，注定要被人所杀。
洪天王回到天王府后，后怕得全身冷汗直流，立刻下令紧闭宫门，并让强壮的女兵们加强护卫。随后，洪秀全连夜写下血书诏，召北王韦昌辉、翼王石达开等人速回天京护驾。
韦昌辉与秦日昌得令后，带领三千精兵昼夜兼程，在一个深夜里赶到了天京城外。当他们到达水西门的时候，守城士兵不给开门，说:“没有东王的令箭，不能开城门。”韦昌辉听后大怒:“我就是奉了东王的密书，这才星夜赶来，你们竟然胆敢阻拦，不想活了吗?”
守城士兵一听是北王，心里害怕，就把他们给放了进来。韦昌辉也不作片刻停留，立刻拍马杀奔东王府。在东王府的门口，遭到杨秀清卫士的激烈抵抗，韦昌辉登高大呼:“奉诏讨贼，顺从的人散去不加罪!”深夜当中，谁也不知道发生了什么事情，于是卫士们便渐渐被驱散。
控制局面后，韦昌辉带兵直扑杨秀清的卧室。杨秀清当时本已睡觉，突然被外面的打斗声吵醒，听到外面动静不对，吓得赶紧躲在水阁下面，但最后还是被找到并捆了带走。东王所有的妻妾子女，全部被韦昌辉的亲兵杀死，特别是那些身怀有孕的王妃，更是一个不留。
想到自己的亲哥哥被杨秀清五马分尸，韦昌辉睚眦俱裂，喝令手下将杨秀清狠狠捆紧，连夜押去天王府见洪秀全。但洪秀全听说韦昌辉杀了杨秀清全家，心想这又是一个手段更加毒辣的“杨秀清”，要是把他扶正到杨秀清地位的话，恐怕以后同样是专横难制，于是便想赦免杨秀清，以便自己从中操控。
韦昌辉见天王出尔反尔，愤怒得几欲喷火，命令左右立刻宰杀了杨秀清。天王得知杨秀清被杀后，他非但不褒奖韦昌辉的功劳，反下诏说不要多杀，把自己的责任推得一干二净。韦昌辉这下才发现自己是被洪秀全当枪使了，气得是一佛升天，二佛出世。由于得不到天王的支持，韦昌辉担心杨秀清的余党会报复，干脆一不做、二不休，矫诏说前去和杨秀清划清界限的人都可以赦免，否则就杀无赦。
受此大变，杨秀清的余党群龙无首，三千多位原东王的部下在惶恐之下，受骗前去投诚，结果被韦昌辉的精兵一网打尽，杀得遍地流血，随后韦昌辉又下令关闭城门，全力捉拿杨秀清剩余的党羽。在这半个多月里，天京城内，血雨腥风，近两万革命精英，一时被屠杀殆尽。此时的事件，已经演变成“杨秀清篡位未成而韦昌辉叛乱是实”。
翼王石达开闻此大变，急速赶回天京，他见韦昌辉如此滥杀，壮着大家还算是兄弟，于是好言劝导韦昌辉说:“杨秀清谋反篡位，死不足惜。但那些广西老乡，大都无罪，你现在不分青红皂白就把他们都杀了，弄得人人自危，这只能是让亲者痛、仇者快啊。”
韦昌辉听后非常不爽，他心里清楚自己杀戮过多，天京人都痛恨自己而盼望石达开来主持工作，于是又想杀了石达开，去除这个政治对手。石达开由于提前获得了消息，他吓得连家门都没进，就连夜用绳子爬出城墙逃走。韦昌辉干脆一不做，二不休，率兵冲进翼王府，给石达开家来了个满门抄斩。闻此噩策，石达开奔到安庆召集部属，随即发兵杀回天京。韦昌辉听说石达开大军将至，惊恐之下就干脆破罐子破摔，每天都杀人泄愤。
韦昌辉的暴行，终于引起天京剩余人马的共愤。在洪秀全的号召下，这些人反攻韦昌辉并将之捉拿。得此消息后，洪秀全在第一时间下令将韦昌辉五马分尸，并逮捕了同党燕王秦日纲，将之斩首示众。随后，洪秀全将两人首级派人送到石达开军中，石达开这才重新回到了天京。据说，韦昌辉的首级被割去给石达开看还不算，其尸体还被寸磔(割)成二寸左右的小块，并标上“北奸肉，只准看不许取”的字样，挂在天王府外栏栅示众!
自此，东南西北，四王皆去(西王萧朝贵和南王冯云山在天京定都前便已牺牲)。可惜的是，剩下的这个翼王石达开，他在天京也呆不下去。
石达开是个聪明人，平时善于拉拢人心、招揽人才，曾国藩曾说他“凶悍、诡谲”，其智力和志向远在其他人之上。特别可贵的是，石达开对于洪秀全的那套东西，颇不以为然，显示了他的思考能力和独立性。
而洪天王经此大变，心里也多长了个心眼，对于外人心存畏惧，只相信自己的家族中人。虽然石达开深孚众望，但洪天王也对他起了疑惧之心，生怕他又成为杨秀清一样的人物。于是，洪秀全把大权分了两半，军权分给李秀成等人，政权则分给了洪秀全的胞兄洪仁发、洪仁达，而正是当打之年的石达开，反而闲居天京，无所事事。
洪秀全的胞兄洪仁发、洪仁达这两兄弟，虽说是宗教迷，但却喜好贪敛财物;自己无才无能，却又偏好不懂装懂瞎指挥，还自以为得计，日渐专横。年轻气盛的石达开哪里受到了这两个野心大、气量小的活宝。正气愤间，他手下有个谋士说:“大王既然深得军心，何必在此受制于人?中原不易拿下，何不挺进四川，做一番当年刘玄德的鼎足之业?”
石达开听了觉得有道理，便决心离开天京，自立门户，不再受洪氏兄弟的鸟气。石达开出走的时候，在沿途城市发榜广而告之，哭诉了他在天京所受的不公正待遇，以鼓惑更多的老战士加入他的队伍。这一招果然有效，一路上太平老战士从者入云，跟随石达开而去的人竟有十万人之多，狠狠挖了一下太平天国的墙角。
石达开出走的时候，至少带走了当时太平天国一半的兵力，可谓是太平军精华，一时俱去。1859年，石达开的大军从江西东部抚州一带杀入浙江西部金华衢州一带，随后又辗转进入福建，下底后进入赣南。紧接着，石达开又西入湖南，打算向四川进军。此时的石达开军队，已成流寇之势。
石达开大军在最鼎盛的时候有二十万人之多，但进军到湖南宝庆(今邵阳)的时候，被刘长佑、李续宜的湘军阻截并遭到重大挫败。宝庆战败后，军心涣散，很多人纷纷脱队，石达开随后率军南进广西，到老家兜了一圈。
广西本就是因为贫穷而首义，石达开的军队来广西后连饭都吃不上，大家都觉得前途渺茫，士气沮丧。无奈之下，石达开只好在1861年率残部约一万余人，再入湖南，取湖南湖北的边地进军，并在次年进入四川东南境。四川天府之国，地险民富，新任四川总督骆秉章听说石达开进入四川，便急领湘军先至布防，严阵以待。
1863年，石达开见四川早有防备，便率军进入西南贵州一带，这些地方穷山恶水，地势险要，石达开屡遭当地苗人勒索，终于在大渡河前，遭当地土司和清军的夹击，进退无路，陷于绝境。军中因粮食耗尽，大家都忍饥挨饿，战斗力几乎丧失殆尽。
无奈之下，石达开自请入骆秉章军帐之中，骆秉章说:“你来投降的吗?”石达开说:“我来求死，兼为士卒请命，请你放过那些剩余将士的性命。” 骆秉章说:“好。”最终，石达开被凌迟处死，他的两个儿子一个五岁，另一个刚刚出生数日，听说被清廷收养，要养到十八岁后才凌迟处死。石达开的残部二千余人，包括他的十几个王妃，也最终被屠戮干净。当年英姿勃发的一代翼王，最后却落得如此下场!
更加戏剧性的是，杨秀清被杀的那一天，后来被洪教主定为“东王升天节”，不知道这是对杨秀清的平反还是对韦昌辉的嘲讽。
太平军的革命，谁又曾想到会是这个结果。
