亚历山大三世是第一位直接关注波罗的海东部传教活动的教皇。他创造了乌普萨拉的大主教在1164瑞典，可能是在他的亲密朋友的建议Eskil，隆德大主教 -在流亡尔沃，法国，由于与丹麦国王的冲突。后者任命本笃会修士富尔科为爱沙尼亚的主教。1171年，亚历山大成为第一位解决芬兰教会情况的教皇，据称芬兰人在战争期间骚扰牧师并且只依赖上帝。 在公牛队在1171年或1172年，他对非巴列姆的动物进行了批评，他对欧洲北部正在进行的针对异教徒的十字军东征提供了教皇制裁，承诺为那些在那里战斗的人减轻罪行。在这样做的过程中，他将强制转换的广泛使用合法化为波罗的海战斗人员的策略。

教皇亚历山大三世和寓言雕塑尔沃圣伯纳德至高无上的阿方索我 葡萄牙国王，在阿尔科巴萨修道院

除了检查Barbarossa之外，亚历山大还谴责英格兰国王亨利二世于1170年谋杀了托马斯贝克特，他非常接近，后来于1173年将贝克尔册封。这是第二位被亚历山大册封的英国圣人，1161年首次成为爱德华忏悔者。尽管如此，他在1172 年确认了亨利作为爱尔兰勋爵的地位。

通过1179年5月23日发布的教皇公牛 宣言Probatum，他也承认Afonso I宣布自己为葡萄牙国王的权利，这是葡萄牙成为公认的独立王国的重要一步(Afonso一直使用国王的称号)自1139年以来)。

即使作为逃犯，亚历山大也很享受法国路易七世的青睐和保护。1163年，亚历山大从英格兰，法国，意大利和西班牙召集神职人员和主教到图尔委员会，以解决教会福利的非法划分，牧师高利贷以及十分之一的十分之一。

1179年3月，亚历山大三世举行了拉特兰第三委员会，这是最重要的中世纪教会委员会之一，被天主教会视为第十一届基督教会议。它的行为体现了教皇关于改善教会状况的若干建议，其中包括法律要求没有三分之二红衣主教的选票，任何人都不能当选教皇。该规则在1996年略有改变，但在2007年恢复。这个会议标志着亚历山大三世的力量的顶峰。

尽管如此，在主教会结束后不久，罗马共和国迫使亚历山大三世离开了他从未重新进入的城市，并于1179年9月29日，一些贵族成立了Antipope Innocent III。然而，通过明智地使用金钱，亚历山大三世让他掌权，于是他于1180年1月被废.. 1181年，亚历山大三世将苏格兰国王威廉一世逐出教会并将王国置于禁令之下。